Yuji es un estudiante de secundaria al que se la diagnosticado un virus incurable. Decide someterse a un prolongado sueño artificial con la esperanza de que la tecnología médica sea capaz de tratar su enfermedad en un futuro. Año 2013: Yuji se despierta en su cámara de sueño. La Tierra está dominada por los "Blue", una raza de criaturas gigantes que son capaces de comer cualquier cosa, incluso a los humanos. La Humanidad ha sido exiliada al espacio y trata de recuperar su planeta con los avanzados "armour shrikes"; unos vehículos de combate humanoides capaces de destruir a los Blues. Yuji está en medio de una guerra que no comprende, una lucha por la supervivencia de la raza humana en la que él jugará un papel muy importante.