La protagonista de la historia es Rune Ballot, una prostituta adolescente en la ciudad de Mardock. No pasa mucho tiempo hasta que Shell, el dueño de un casino y con otros tantos negocios turbios entre las manos, decide que sea su protegida. Rune está agradecida por lo que Shell ha hecho por ella, pero siente la imperiosa necesidad de saber por qué a ella. Investigar el pasado de Shell será su gran error, ya que la reacción del mismo será intentar matarla a toda costa, con lo que revienta un coche con ella dentro. En Mardock la tasa de criminalidad es alarmantemente exagerada, así que se pone en marcha una nueva ley conocida como ?Scramble 09? que permite a la policía tomar acciones que en ese momento se consideran ilegales o brutales con tal de combatir todo crimen. Rune Ballot se ve envuelta en la investigación contra Shell, con lo que cogen su cuerpo chamuscado y lo montan en un cuerpo sintético reforzado e intentan interrogarla. Rune al despertarse tarda en recuperarse del estado de shock, pero cuando lo hace? su primer objetivo es vengarse de Shell.