Año 2356: han pasado 189 años desde que una supernova acabase con el 99% de la población mundial. Para evitar cualquier futuro riesgo proveniente del espacio, la humanidad ha construido una serie de estaciones espaciales. La joven Shima Katase, que siempre ha soñado con ver la galaxia y salvar a su planeta de una nueva catástrofe, supera las pruebas de la Academia Espacial, con lo que es destinada a la estación espacial de Stellvia.