Tras la batalla de Yakin Due, se firmó finalmente un armisticio entre la Alianza Terrestre y ZAFT, cesando las hostilidades, y trayendo así un periodo de paz. Durante la guerra, Shinn Asuka, habitante de una isla de Orb, sufrió en sus carnes el horror de la misma, perdiendo a su familia ante sus ojos. Tras el shock, abandonó Orb, y se fue a PLANT, convirtiéndose en un soldado de ZAFT. Año 73 de la Era Cósmica. Comienza Gundam SEED Destiny. Surgen nuevos peligros; entre ellos, un grupo de Coordinadores radicales que ocasionan un ataque a gran escala contra los Naturales lanzando los restos de la colonia Junius Seven hacia la Tierra. Por otro lado, nuevos gobernantes se mueven en las sombras estimulando el viejo odio racial para su beneficio personal.