La historia de Mushiuta tiene lugar en un futuro cercano. Diez años antes del comienzo de la historia, extrañas criaturas parecidas a los insectos, conocidos como "Mushi" comenzaron a aparecer. Los Mushi son capaces de consumir los sueños y pensamientos de las personas y a cambio les dan poderes sobrenaturales. Al final del episodio uno, el protagonista Daisuke "Kakkou" Kusuriya se encuentra con una joven llamada Shiika Anmoto. Los dos, con el tiempo, se acercan cada vez mas. Sin embargo, Kakkou desconoce que, Shiika, es una fugitiva de una prision secreta conocida como GARDEN donde aquellos quienes son poseídos por los Mushi, conocidos como Mushitsuki son retenidos. La fuerza militar de GARDEN, la oficina ejecutiva especial de la conservación medioambiental, envia a sus mejores asesinos para rastrear a Shiika. Sin embargo, son encarados por la resistencia de la organización de resistencia de los Mushibane, dirigida por la reservada "Ladybird" (Mariquita).