Persona -Trinity Soul- tiene lugar 10 años después del final de Persona 3. Se podría decir que es una continuación de dicho juego. Se sitúa en la ciudad japonesa de Ayanagi, localizada cerca del mar, donde la policía investiga varios casos que involucran un misterioso padecimiento llamado "Síndrome de Apatía" (que guarda relación con lo sucedido hace 10 años). Diez años atrás la ciudad sufrió un gran terremoto, del que se ha ido recuperando poco a poco. En medio de la crisis, dos hermanos llamados Shin y Jun Kanzato se mudan de regreso para ver a su hermano mayor Ry?, quien ahora es Superintendente de la Policía de la Ciudad de Ayanagi, habiendo pasado diez años desde que los hermanos se encontraron por última vez.