Han pasado 10 años desde el final del Torneo FFI. El fútbol ahora es controlado por una misteriosa organización llamada Fifth Sector, convirtiendo este deporte en oscuras y violentas batallas. Para la gente, el fútbol ya no tiene esperanza. Tenma Matsukaze es un joven proveniente de Alemania que acaba de mudarse a Japón, donde pasa a formar parte del Instituto Raimon y de su equipo de fútbol; ama el soccer, y juega como Medio Campista. A pesar de que aparentemente no es demasiado talentoso, salvo para driblar, es optimista e intenta mejorar día a día. Con su llegada, Raimon recupera la esperanza; es así como este nuevo Equipo, comandado por el ahora entrenador Mamoru End?, buscará luchar contra sus nuevos oponentes, lograr la revolución y recuperar el significado del verdadero fútbol.