La historia se sitúa unos meses después de la última escena acontecida en la serie de TV. En un día tranquilo en Akihabara, Okabe y los miembros del laboratorio son invitados por Faris a ir a Estados Unidos. Mayuri y el resto planean reunirse con Kurisu, quien había regresado a un laboratorio en ese país. Pocos días después, Okabe autodenominado “el científico loco Hououin Kyouma” llega solo a un aeropuerto de Los Angeles, donde dará el primer paso hacia un mundo liderado por el caos.