Año 2039, el aumento del nivel del mar, provocado por el calentamiento global, ha ocasionado que una gran extensión de tierra quedara completamente sumergida. Para desgracia de la humanidad, como si de una respuesta se tratase, un misterioso grupo de buques de guerra revestidos en niebla, "La Flota de la Niebla", apareció en todos los rincones del océano, comenzando a atacar a las flotas humanas. A pesar de haber reunido todas sus fuerzas, la humanidad fue completamente derrotada por la fuerza abrumadora de la Niebla. Todas las rutas comerciales fueron bloqueadas y la política económica destruida, golpeando de manera contundente a la raza humana. Siete años más tarde, el submarino I-401 de la Flota de la Niebla aparece frente al cadete Gunzou Chihaya. Iona, la forma de vida humanoide que pilotea al submarino que debiera ser su enemigo, ofrecerá, en cambio, sus servicios a la humanidad.