La historia se desarrolla en Shizume, una ciudad muy avanzada tecnológicamente. Allí, Yashiro Isana, un muchacho que es simpático con todo el mundo, vive apaciblemente hasta que un importante miembro de la banda HOMRA es asesinado. El problema es que Yashiro se parece muchísimo al único sospechoso de este asesinato, por lo que deberá escapar de los seguidores de HOMRA que buscan venganza.