Durante un viaje escolar, el niño prodigio Sorata Suzuhara se aleja de sus compañeros al escuchar una misteriosa canción y se desmaya. Cuando se despierta, se encuentra en un sitio desconocido y se topa con una chica que le dice que está en el Japón de inicios de siglo. Para ayudarle a volver a casa, Sorata la sigue hasta un barco que está esperando y cuando aparece, Sorata se da cuenta de que no es un simple barco de madera, sino que es una nave voladora que tiene una tecnología que va más allá de lo que Sorata podría imaginar. Pero lo más extraño es que allí hay otros 12 pasajeros, 3 mujeres jóvenes y 9 hombres, que se supone que son espers que tienen poderes especiales, y están en una especie de viaje por petición de una multinacional conocida como El Mundo.