En un mundo en el que los humanos con poderes están cerca de ser aniquilados, los combates se libran con armas de fuego, relegando el uso de espadas al pasado. El protagonista de la historia, Takeru Kusanagi”, es un estudiante de la Academia AntiMagia, un centro en el que se forma a los Inquisidores de Herejes que cazarán a los magos en el futuro. Takeru es incapaz de usar una pistola y debe defenderse con espadas, por lo que es relegado al 35º pelotón de pruebas, también llamado “pelotón de moscas” por la debilidad de sus miembros. Sin embargo, Ouka Ohtori, una pistolera de élite que ya podría estar cazando magos, decide unirse a ese pelotón.