Invertia, la catástrife astral que aniquiló muchas ciudades en el siglo XX, supuso también el nacimiento de una nueva raza de humanos con habilidades especiales: los Genestella. Al mismo tiempo, se encontró un elemento especial en el interior del meteoro, "maná", que ayudó a que la humanidad diera un salto tecnológico. En Rikka, la ciudad académica sobre el agua, el "Asterisk" como muchos la llaman, estudiantes de seis escuelas se preparan para un torneo que se celebra anualmente y que enfrenta a los mejores estudiantes. Ayato Amagiri, de la Academia Seidoukan, se enfrentará al reto acompañado de Julis, la Bruja de las Llamas Resplandecientes.