Reina Aharen, una pequeña y simpática estudiante de voz tranquila, es bastante mala para determinar la distancia y el espacio personal. A veces está a centímetros de tu cara, y otras veces, a kilómetros de distancia. El único que intenta entender sus travesuras es Raidou Matsuboshi, que se sienta a su lado en clase. Tiene una cara amenazante, pero en realidad es un chico amable con una imaginación que a veces se desboca. Aharen-san wa Hakarenai sigue a la peculiar pareja mientras su extraña amistad comienza a florecer cuando Raidou recoge la goma de borrar de Aharen para ella. Ella malinterpreta su gesto y ahora cree que son los mejores amigos, mostrando cómo la más simple de las cosas puede resultar ser el más complicado de los desafíos para ellos.