En un mundo repleto de criaturas conocidas como Kaiju, Kafka Hibino siempre quiso ser parte del Cuerpo de Defensa. Junto a Mina Ashiro, su amiga de la infancia, prometen que ambos lograrán unirse, sin embargo, la vida los enviará por caminos muy diferentes. Kafka trabaja ahora limpiando cadáveres de Kaiju tras las batallas, y en el trabajo conoce a Ren Ichikawa. Reno está decidido a unirse a las Fuerzas de Defensa, y su pasión y decisión harán que Kafka despierte de nuevo su deseo de unirse a Mina en las Fuerzas de Defensa y proteger a la humanidad.