En un futuro próximo, un repentino e inexplicable aumento del nivel del mar sumergió bajo el agua la mayor parte de la civilización humana. Natsuki Ikaruga, un joven que perdió a su madre y una pierna en un accidente unos años antes, decide abandonar desilusionado la ciudad y lo dura que es la vida allí para regresar a su hogar natal, casi sumergido por el mar. Sin familia, lo único que le queda es lo que le dejó su madre, que era oceanóloga: un barco, un submarino y una gran cantidad de deudas. Su única esperanza de recuperar los sueños para el futuro que perdió es aprovechar la oportunidad que le ofrece una recaudadora de deudas muy sospechosa llamada Catherine. Con ella partirá a buscar las ruinas inundadas del laboratorio de su abuela para así dar con el tesoro que dicen que dejó allá. Sin embargo, lo que encuentran no es un cofre repleto de dinero o de joyas, sino una extraña chica dormida en un ataúd en el fondo del mar: Atri. Atri es un robot, pero su aspecto y su capacidad para expresar emociones haría creer a cualquiera que es un ser humano más. En agradecimiento por su salvamento, declara algo ante Natsuki.