Grisaia: Phantom Trigger se lleva a cabo después de la trilogía de Grisaia, y presenta un grupo completamente nuevo de heroínas, así como un nuevo protagonista. La historia sigue a una clase de estudiantes de la Academia Mihama, que ha sido convertida por la organización antiterrorista CIRS en una «escuela de capacitación especializada» para una nueva generación de operativos.