La serie comienza con la protagonista de “Agent Aika”, la propia Aika Sumeragi, la cual es una estudiante de preparatoria de 16 años. Con su mente aguda y cuerpo atlético, Aika ha logrado pasar la prueba del programa de salvamento de la clase C, y ahora está en la clase A. Su compañera de clase Eri Shingai y presidenta fundadora del club “buscadores de tesoros”, le proporcionará su primera misión: la investigación sobre el misterio de Karen Minamino.