Esta segunda temporada trata sobre la vida de los protagonistas dos años después de la anterior serie, lo que trae algunos cambios. Los inmortales arboles de Sakura están de regreso, Basado en la secuela del juego original de PS2, la historia tiene lugar otra vez en el pueblo de Hatsunejima, pero después de 53 años de los eventos ocurridos en la D.C (Da capo) y D.C.S.S (Da Capo Second Graduation ó Da Capo Second Season). Aunque los personajes son algo familiares a simple vista hay nuevos personajes en el elenco. Siguen Junichi y las hermanas Yume y Otome Asakura ambas nietas de Junichi y Nemu de las primeras 2 series, Nemu solo es mencionada por nombre. Las cosas se complican cuando aparece Aisia, una niña que quiere que Junichi le enseñe magia, a pesar de que éste sólo sabe crear pequeños dulces japoneses de la nada.