La historia transcurre en Tokyo 10 años después de un gran terremoto que hunde el 70% del territorio en el océano. Ganta Igarashi es un sobreviviente de 14 años y no recuerda nada sobre el incidente, vive una vida normal, hasta que un día en clase aparece un extraño sujeto rojo, que asesina a todos sus compañeros dejándolo vivo solo a él!! no sin antes introducir un cristal rojo en su pecho. Despues de ocurrido el crimen, Ganta es culpado por la masacre y sentenciado a cadena perpetua en la prisión llamada Deadman Wonderland. No es una prisión cualquiera, es un macabro lugar donde la principal atracción son los presos, sirviendo a la vez como Staff y Animadores. Debido a la cruel naturaleza del "crimen de Ganta" se suma una condena a muerte, colocandole un collar que inyecta lentamente una dosis de veneno, y para conseguir el antídoto, deberá participar en algunos mortales juegos, ademas debe encontrar al verdadero asesino para probar su inocencia.