Para evitar la destrucción de la Tierra amenazada por un asteroide, la ISDA (International Solarsystem Development Agency) encuentra un huevo de Dragon bajo el oceano, lo cual es utilisado para dar comienso al "proyecto D" y crea al "Dragonaut" Sin embargo, descubren que los asteroides no son su única amenza, sino unas criaturas poderosas cuando un dragón aparecen en la Tierra. Abiendo perdido a su familia en un terrible accidente Jin Kamishina siendo el unico sobreviviente se convierte en un piloto de uno de los mas poderosos "Dragonaut" Toa una chica misteriosa es el objetivo de la ISDA sin embargo es protegina por Jin Kamishida. Cuanto más profundo se vayan adentrando en el misterio de los dragones, se encontrarán con nuevos amigos y enemigos, y también comenzarán a desarrollar una relación más cercana