Nacidas con distintas mutaciones, algunas personas obtienen habilidades que exceden a las normales en un ser humano. Si son capaces de usar dichas habilidades, son denominados E’s. Esta es la historia de un solitario chico de 15 años llamado Kai Kudo que es capaz de usar dichos poderes, lo que lo convierte en un E’s. Los poderes de Kai son distintos a los de los demás. Junto con su enferma hermana, son acogidos y protegidos por la organización llamada ASHURUM. Descubierto por Eiji, Kai es asignado a las fuerzas especiales de la organización, denominadas AESES, para un entrenamiento intensivo. Cada vez que tiene tiempo libre, Kai visita a su hermana (Hikaru) que está en un hospital perteneciente a la organización, pero su condición no mejora. Un año después, increíblemente desarrollado después del entrenamiento especial, Kai decide escapar de ASHURUM.