El argumento está basado en los episodios del 1 al 6 de la serie original. Aunque algunas situaciones se muestran de diferente forma, tales como ángulos de cámara, historias alternativas, etc. Shinji Ikari llega a Tokio-3, buscado por su padre Gendo. A su llegada, se encuentra con ejercito de la ONU tratando de detener al cuarto Angel (el tercero en la versión original), Sachiel. Rescatado por Misato Katsuragi, Shinji llega a los cuarteles generales de NERV donde se reencontrará con su padre Gendo (Supremo Comandante de NERV), con la amenaza de que si no pilotaba el EVA-01 para luchar contra Sachiel, la misteriosa Rei Ayanami, que se encontraba en malas condiciones, sería enviada a pelear; por lo que acepta. Después de la primera batalla, en la que salió victorioso, Misato lo lleva a su casa para que viva con ella, vaya a la escuela y trate de tener una vida normal. Tras todo esto comienzan a aparecer nuevos ángeles.