Estamos en el año 2015 CE, donde la Organización de Seguridad Chaldea se ha fundado para preservar la existencia de la historia humana. Observaban un mundo que la traumaturgia no podía controlar, y que la ciencia no podía medir por completo, para así evitar la extinción segura de la humanidad. Pero en el futuro visto por Chaldea, la humanidad se extingue sin remedio en 2017. La causa parece estar en Fuyuki, un pequeño pueblo de Japón, y concretamente en el año 2004. Allí aparece una región no observable que no había existido jamás antes de aparecer. Chaldea supone que Fuyuki es la razón por la que la humanidad está condenada, así que envía a explorar, investigar y destruir el Santo Grial si es necesario a la Gran Order.