La historia sigue inmediatamente después de los eventos de Grisaia no Meikyuu, con Kazami Yuuji detenido por ser sospechoso de involucramiento con una organización terrorista internacional, que ha conseguido entrar a las fronteras de Japón con una devastadora arma de destrucción masiva. Mientras tanto, en la Academia Mihama, a las estudiantes se les agota el tiempo ya que debido a problemas económicos la escuela cerrará dentro de un mes. Las chicas habían encontrado por fin su camino gracias a la ayuda de Yuuji, así que ¿se quedarán de brazos cruzados y esperar que el mundo cambie a su alrededor? ¿Y dejarán ir al hombre que cambió sus vidas sin intentar salvarlo? A medida que su fin en la Academia Mihama se acerca, Amane, Makina, Sachi, Yumiko, y Michiru llegan a una sola conclusión.