Hôrô Musuko cuenta la historia de Shûichi Nitori, un estudiante de 5to. grado al que le gusta cocinar y siempre ha sido un chico afeminado. Cuando es transferido a una nueva escuela conoce a Yoshino Takatsuki, una chica alta y de aspecto masculino a la que todos llaman Takatsuki-kun. Ambos tienen secretos que no pueden permitir que los demás conozcan.