Japón creó un exoesqueleto armado impulsado, el Infinite Stratos (IS), y esto se hizo la corriente principal de armas. Sólo las mujeres pueden hacer funcionar el IS, ya que las mujeres dominan la sociedad sobre hombres. Orimura Ichika es un muchacho de 15 años y por casualidad toca un IS colocado en la escuela de entrenamiento pilota para IS. Él es la única persona que puede ocupar al IS y forzó para entrar en la escuela de entrenamiento. La vida ocupada de la escuela de Ichika rodeada por muchachas ha comenzado.