Han pasado 3 años desde la Segunda Guerra de Neo Zeon y en un acontecimiento sin precedentes, Syam Vist junto a su nieto Cardeas Vist y cabeza de la Fundación Vist planean entregar el objeto que encontró en las ruinas de Laplace a comienzos del Universal Century a los remanentes de Zeon, dicho objeto ahora es conocido como la Caja de Laplace. Si la Caja es puesta en manos de Zeon podría significar la caída del gobierno de la Federación. En medio de todo esto, la vida de un muchacho llamado Banagher Links cambiará para siempre cuando, en un encuentro confuso, cruce su camino con una joven llamada Audrey Burne y obligado por las circunstancias, se convierta en el piloto de la llave para abrir la caja, el Gundam Unicorn.