La historia se situará en el año 2059, cinco décadas después de la Space War I de la primera Macross. Macross Frontier, la flota de colonización número 25 de clase New Macross viaja a través de la galaxia a un nuevo paraíso al que llamar hogar, sin embargo, acaban entrando en guerra con un extraño enemigo llamado Vajra. Ozma Lee, líder del equipo S.M.S. Skull que lucha contra los Vajra en el frente, se encuentra con una misteriosa forma de vida que poco tiene que ver con sus enemigos. La forma de vida comparte con él recuerdos visuales de otra flota de colonización con Ozma y dos personajes más de Macross Frontier: Ranka y Sheryl.