Kaito Kuroba, un estudiante adolescente normal cuyo padre está a menudo ausente. Cuando su padre muere bajo circunstancias desconocidas, él descubre la identidad secreta de este; un famoso criminal internacional conocido como Criminal Internacional 1412: el Ladrón Fantasma, y que fue asesinado por una misteriosa organización al rechazar ayudarlos en la obtención de la “Gema Pandora”; una piedra mística que se dice que derrama una “lágrima” durante el paso de un cometa en particular (a menudo llamado “Cometa Volea”), y el consumo de ellas otorga la inmortalidad. Él jura prevenir que la organización obtenga la inmortalidad, asumiendo la identidad de su padre y así comienza su búsqueda de la gema. Sus únicas pistas al respecto de la ubicación de esta son: que emite un brillo de color rojo bajo la luna llena y que es doble; una gema escondida dentro de otra más grande. El protagonista investiga y roba famosas y preciosas gemas con raros orígenes de lugares con defensas increíblemente preparadas, y siempre las devuelve luego de la luna llena más cercana.