Ambientada en un futuro cercano distópico en el que la cultura otaku en Japón ha sido arrasada por una misteriosa organización conocida como “SSC”, Magical Girl Destroyers sigue las desventuras de Otaku Hero -un joven revolucionario amante de la cultura otaku- y Anarchy, Blue y Pink, un trío de chicas mágicas que le admiran. Juntos luchan por crear “un mundo en el que puedas decir lo que quieras sobre lo que quieras”.