En una oscura noche en New York City, Ryu es atacado por unos asesinos. Después de deshacerse de ellos, encuentra una tarjeta de identificación de la Friedman Company. Al día siguiente, se anuncia que el Dr. Ned Friedman ha descubierto una cura para el cáncer. Pero después de no proporcionar ninguna información en su rueda de prensa, Sarah, una reportera, decide investigar con la ayuda de sus amigos Roberto y Jeff. Al pasar por la casa del Dr. Friedman un día, Ryu oye la voz de una muchacha joven que pide ayuda. Descubren que el Dr. Friedman ha estado realizando experimentos en seres humanos vivos usando la biotecnología, y que puede tener algo hacer con la energía de los dioses demonios, que Ryu había derrotado en el pasado. Pero cuando secuestran a su amiga Irene, Ryu debe recuperar su papel como dragón Ninja para derrotar a este nuevo enemigo y para salvarla..