Himura Kenshin intenta llevar una vida tranquila junto a Kaoru y así olvidar su pasado como el legendario Battosai, pero un nuevo peligro se cierne sobre ellos y sobre todo el gobierno de Japón: Makoto Shishio , un despiadado y sanguinario asesino, que busca venganza contra aquellos que le traicionaron y convirtieron en un monstruo desfigurado mediante un elaborado plan que convertirá la capital Kyoto en un infierno de fuego y llevará la historia de Kenshin a una batalla final de pura leyenda.