Hace 33 años, una fuerza alienígena conocida como "JAM" invadió la tierra a través de un portal dimensional situado en la Antártida. Las fuerzas terrestres lograron hacer retroceder a JAM por el portal hacia su planeta natal al que se designó con el nombre de "Fairy". Mientras la mayoría de la población terrestre ignora la presencia de JAM, la guerra continúa en Fairy. Observaremos como se desarrolla la vida de Rei Fukai, un piloto de las FAE (Fuerzas Aéreas Especiales) al que se asigna como piloto del "Yukikaze", un avanzado jet fighter de reconocimiento equipado con una I.A. semi-inteligente que detecta la presencia de los JAM.