Un día, una ciudad es completamente aniquilada. Yuki es una mujer joven que, supuestamente, es la única superviviente de dicha ciudad tras la aniquilación. Por su parte, Takuya es un mensajero solitario. Juntos, de la mano de la carta que deja el padre de Yuki, se dirigen hacia la ciudad, ahora conocida como "Lost", y en su camino se enfrentarán a obstáculos inesperados. Los pensamientos sobre aquellos que se perdieron en el pasado, organizaciones secretas y misteriosas, así como conspiraciones, aguardan a Yuki y Takuya a medida que se acercan a descubrir el misterio que se esconde tras "Lost".